ワイリーマシン3号第一形態の弱点はスパークショックかハードナックル。スパークショックが早く倒せておすすめ。マシンの下にある青い砲台を狙う。

ワイリーマシン3号第二形態はワイリーが乗るコクピットにラッシュジェットでバスターを連射する。

倒すと最終ステージへ。