はじめに

ストーリー

「レプリフォース大戦」から数ヶ月、地球に平穏な時間が続いていた。スペースコロニー郡の修復もほとんど終わり、残りは超巨大コロニー「ユーラシア」の工事のみになっていた。

しかし、平和は一瞬で崩れ去る。何者かに「ユーラシア」が占領され、人工重力装置のコントロールを奪われてしまった。このままでは16時間後には地球と激突してしまう。

地球存亡への残る手段は、旧時代のギガ粒子法「エニグマ」を使って「ユーラシア」を破壊する以外にない。この任務をこなせるのはエックスとゼロだけだ。地球の未来は二人に委ねられる。「エニグマ」再起動のパーツを集めて、粒子ビームで「ユーラシア」の地球激突を食い止めろ！

本作の特徴

本作もプレイヤーはエックスとゼロのどちらかを選べますが、ストーリーが変わるのは最後だけ。今回は出撃毎にプレイヤーやアーマーを選べます。しかし、取ったライフアップは片方にしか反映されないので、バランス良くか片方強化かはよく考える必要があります。

制限時間があり、ハンターベースに戻ってくる度に時間が経ちます（コンティニューでは変わりません）。なのでアイテム回収はコロニー破壊後にするのがオススメです。

敵にレベルがあり、高いほどHPが高くなります。8ボスではLv8以上だとクリアしたときに強化パーツがもらえますが、2種類のうちどちらかを選ばなくてはいけません。

エンディングが3種類あります。コロニーを破壊出来なかったルートで1つ、破壊して最終面をエックスでクリアとゼロでクリアでそれぞれ1つずつです。

基本操作

アイテム

ライフエネルギー

体力を回復。小、大、MAXがある。

武器エネルギー

武器エネルギーを回復。小、大、MAXがある。。装備中の武器が満タンだったり、バスターを装備していたりすると少ないものが勝手に回復される。

1UP

残機が1増える。最大9。

パーツや強化

ライフアップ

最大HPが増える。8ボスステージに1つずつある。取ったキャラしか上がらないので注意。

（ライフ）サブタンク

HPが満タンのときにライフエネルギーを取ると溜めておける。武器選択画面から使用でき即時回復可能。クレッセント・グリズリーステージ、ダーク・ネクロバットステージに1つずつある。

エナジータンク

武器エネルギーが満タンのときに武器エネルギーを取ると溜めておける。武器選択画面から使用でき即時回復可能。スパイラル・ペガシオンステージにある。

EXアイテム

初期人数を3から5に増やす（残機の表記は2→4になる）。シャイニング・ホタルニクスステージにある。

フォースアーマー

エアダッシュ、ホバリング、消費エネルギー軽減、ダメージ半減、プラズマチャージショット、特殊武器チャージが可能になる。最初にエックスを選ぶと入手出来る。

ファルコンアーマー

一定時間自由に飛行できる「フリームーブ」が使用可能になる。他にエネルギー軽減、ダメージ半減、ガードや地形を貫通する「スピアチャージショット」、画面いっぱいにスピアチャージショットをするギアアタックが使える。前半4ボスステージにパーツが1つずつあり、4つ揃えると使えるようになる。

ガイアアーマー

トゲを無効化する。他に壁に貼り付ける、ダメージ半減、攻撃が「ガイアショット」になりガイアブロックをチャージショットで壊せる、ダッシュでガイアブロックを押せる、目の前に大きなエネルギー弾を出すギガアタックが使える。後半4ボスステージにパーツが1つずつあり、4つ揃えると使えるようになる。

アルティメットアーマー

フォースアーマー＋ノヴァストライクが無限に撃てる。また、プラズマチャージショットのプラズマが3発残る。零空間ステージ3にアーマー無しで行くと入手出来る。

ブラックゼロ

デフォルトで「ショックアブソーバー」「ショットイレイザー」「ウイルスバスター」が付く。また、エネルギーも軽減される。零空間ステージ3にゼロで行くと入手出来る。