アナザーエリアについて
アナザーエリアとは8ボスステージに必ず1つずつある青いゲートの先の正規ルートでないマップのことです。正規ルートでないと言っても、レプリロイドやアイテムは普通に落ちてることがあるので行く必要はある。因みにリサイクル研究所は正規ルートにも青いゲートがあるが、ワープ先でエイリアと通信できない方がアナザーエリアです。
アナザーエリアではエスケープできず、アナザーボスを倒す必要がある。アナザーボスを倒すとステージ選択画面に戻る。アナザーボスは全3種類で、ダイナモとは無限に戦える。
ボス攻略
ゼロナイトメア
最初に戦うことになる。勝つとゼロがプレイヤーとして操作できるようになる。倒す動画はこちら。
ゼットセイバーで斬りつけると消えます（攻撃中以外）。これを繰り返すと良いでしょう。但し敵の攻撃をあまりもらいすぎないように出てきた瞬間に背後を取っておきましょう。左に出てくると背後を取るスペースがないので右に出るように誘導しましょう。
ハイマックス
ゼロナイトメアを倒していれば戦うことになる。勝つと秘密研究所に行けるようになる。但し、秘密研究所ステージはパーツやアーマーがないとかなり難しいです（場合によっては積むかも？）。エックスで倒す動画はこちら。ゼロで倒す動画はこちら
エックスの場合はチャージガードシェルを展開しておいて、電気の弾やデスボールを撃った後にチャージショットを当てて動きを止めてる間にガードシェルでダメージを与えましょう。後半中央に来たらガードシェルを連発しましょう。
ゼロの場合は電気の弾の後やデスボールの後に円水斬を当てた後ジャンプ斬りをします。円水斬は複数HITしやすくそのままダメージになることが多いです。デスボールの後に下で止まった場合はゼットバスターでダメージを与えると一番ダメージ量が多いです。中央に来たらジャンプ斬りを左右に移動しながら行いましょう。
ダイナモ
秘密研究所が出た後はずっとこいつ。こいつと戦う目的はソウル稼ぎです。弱点武器（メテオレインor円水斬）で攻撃したあとすぐに適当に攻撃すると200ソウルを落とします。それを3個まで落とすので稼いでおきましょう。エックスで倒す動画はこちら（まだメテオレインを持ってない状態）。ゼロで倒す動画はこちら
エックスの場合はメテオレインを当てながらチャージショットで戦います。ある程度敵の攻撃を避ければダメージレースで勝てると思います。
ゼロの場合は円水斬を撃つだけです。あっという間に終わると思います。